从小智《宠物小精灵》，第一个从镇心镇开始，到现在，他已经在阿罗拉群岛收集了大约83个神奇宝贝，其中肯泰罗的神奇宝贝多达30个。虽然小智收集神奇宝贝很熟练，但是因为种种原因，小智还是放出了8个神奇宝贝。虽然离开时让人感到难过，但这些被放生的神奇宝贝现在都有了自己的生活和事业。
官渡地区被肖志真心降服的神奇宝贝杰尼龟，在与肖志并肩作战后获得了多项荣誉。但后来，杰尼龟在一次救火比赛中遇到了他以前的手下，和他们重新组成了一支完整的杰尼龟军队，在救火比赛中一举夺冠，然后离开了肖志。现在他们是官渡地区的专职神奇宝贝消防队！但也住在大木头医生的苗圃里。
曾经抢了小智帽子，教训了小智一顿的热猴，最终被执迷不悟的小智成功制服。虽然它没有打过多少仗，但每一场战役都给人们留下了深刻的印象。现在热猴在粉丝格斗的训练下已经成为了一个非常强的神奇宝贝战士！
魔法墙娃娃，曾经是小智想要安抚的神奇宝贝，却总是误错过了安抚的最佳时机。后来，魔墙娃娃自己来到了小智家，受到了小智妈妈的热情招待。然后，她成了小智妈妈做家务的好帮手，小智妈妈每次出行都带着它，于是魔法墙娃娃成了小智妈妈的贴身管家。
在《小智》中复原的所有神奇宝贝中，甲贺忍蛙是最富有也是最特殊的存在，但也正是因为它的特殊能力，才肩负起了铲除邪恶巨型植物的重任。当小智乘飞机离开时，在森林里消灭巨型植物的甲贺忍蛙像小智一样仰望天空。
《小智》中第一个真正被安抚的神奇宝贝——巴达虎，是所有神奇宝贝中进化最快的。后来她带着最喜欢的女八大胡飞走了，现在呢.八大胡的孩子绿毛毛虫，估计已经进化成裂口了。
曾经在保护波波和比比组成的鸟群时与凶鸟和大嘴鸟作战的碧貂，后来以压倒性的力量战胜了大嘴鸟。后来，碧雕为了波波和碧碧鸟不再受欺负而决定留下来，小智也得知了这一心意，决定将它们放生。现在碧雕是鸟儿的领袖，带领它们生活在茂密的森林里。
小智一行在沙滩上从几名不良少年手中救出的神奇宝贝乘龙，后来在小智的帮助下找到族群，回到大海。后来，肖志在旅途中又遇到了他，当时成龙已经成为族群的领袖。
小智在海逸城偶然遇到的神奇宝贝黏美龙，在火箭队被抓期间表现出对小智的好感，然后和小智一起走了，成为了他的神奇宝贝。后来，小智为了让普克梅龙生活在自己适合的环境中，就把它送回了湿地地区。虽然告别总是伴随着泪水，但看着黏美龙和他的朋友们幸福地生活在一起也是非常令人欣慰的。
