耶拿奥斯特战役
边肖在《一场教科书般的胜利―耶拿―奥厄施泰特战役》一文中曾说，在短短的24天内，普鲁士和萨克森的全部军事力量都被消灭了：2.5万人死伤，10万人被俘，其余的军队完全瓦解。法国军队的战利品无法估量。仅在柏林，就有4000支枪，2万匹马，10万支枪。
而拙劣的指挥将问题无限放大。普鲁士的高级司令部可以说是多头怪兽。其权力由布伦瑞克公爵(71岁)(时任普鲁士军队总司令，虽然他确实很优秀，在18世纪中期的现代战争中被公认为战争大师，但普鲁士的军队建设长期停滞不前，吃掉了腓特烈一世留下的首都，这个“大师”也有贡献)，霍恩洛王子和鲁切尔将军。scharnhorst将军是布伦瑞克的参谋长，Massenbach上校是Hornloch王子的参谋长。
更何况，布伦瑞克公爵并没有把优秀的沙恩霍斯特将军作为自己的幕僚长来为自己出谋划策。由于某种原因，不伦瑞克公爵本人在奥尔施塔特受了重伤，但他不知道如何利用他聪明的参谋长。他居然派他作为优秀的副官去传递命令，完全浪费了沙恩霍斯特非凡的军事参谋才能。
普鲁士军团
为了减少五个人之间的摩擦，弗雷德里克威廉三世亲自担任了名义上的总司令。虽然他年轻时加入了普鲁士军队，1784年成为中尉，1790年晋升为上校，1792年至1794年参加了反法战争，但他对战争一无所知，所以他选择了82岁的Morrandolph元帅作为他的亲密顾问(换句话说，不管他的种族，他已经82岁了。)
与此同时，弗雷德里克威廉三世也把战时内阁带上了战场。这个内阁由大臣和训练主任组成，结果是每个指挥官和顾问都可以向国王提出自己的计划。一群俗人从集合开始就控制了军队的一切工作，一个指挥官就是一座小山。他们花在争论上的时间比解决问题的时间还多，他们在互相角力。很难赢。
所以，战役结束后，拿破仑曾说普鲁士军队是一支好军队，但它什么也没做，因为他们都不知道如何指挥。
scharnhorst
战斗结束后，起初沙恩霍斯特决定留在国王身边，但他骑的马很难控制，很快他就在夜色中与国王的据点失去了联系。在路上，他遇到了冯布吕歇尔将军。布吕歇尔用残余的骑兵掩护被击毁的炮兵撤退。
伴随着布吕歇尔通过哈尔茨山撤退到梅克伦堡，沙恩霍斯特成为了布吕歇尔不可或缺的顾问——他们之间没有正式的军衔或军衔，他成为了普鲁士总参谋部历史上第一位“著名的总参谋长”。
由于缺乏补给和弹药，面对势不可挡的敌人，布吕歇尔和沙恩霍斯特在撤退中经过长时间的拖延和躲避战斗后，不得不在吕贝克湾附近的拉特考放下武器。总参谋部的理论创始人马森巴赫早在撤退时，但并没有完全绝望，建议王子的霍恩洛赫军团投降。老布吕歇尔说，马森巴赫肯定“知识过剩”。
当普鲁士军队没有人发号施令的时候，傲慢自大的老普鲁士军官阶级彻底崩溃了。除了完全放弃抵抗的马森巴赫之外，还有一位早期的改革家少将卡尔路德维希冯莱科克，他在哈莫恩要塞向法国军队投降。
后来，他和其他无脑懦弱的要塞指挥官一起被判苦役。在腓特烈二世时代后的国家体系中，没有真正的国家意识，缺乏下层民众的积极参与。看到了吧，沙恩霍斯特，国家危机的来临，也正是他梦想改革的机会。应该说，普鲁士总参谋部的诞生不能不归功于国家的危机。
1807年夏天，国王不得不在蒂尔西特与法国签署和平条约。在瓜分波兰领土时获得的大部分东部省份再次丧失，普鲁士的大部分领土被法国占领。占领的时间长短取决于战争赔款的支付。
但是，普鲁士的失败极大地鼓舞了军事改革力量。除了沙恩霍斯特、博伊恩、格罗曼和克劳塞维茨，改革势力主要包括因成功守住波美拉尼亚科伦堡而闻名的内达哈特的中校冯格纳泽瑙。
1807年7月，在上层改革派的压力下，国王召回了斯坦，并授予他全权掌管内阁。同月，在军事改革者的影响下，成立了军事改革委员会。冯沙恩霍斯特上校是军事改革委员会的领导人。
他邀请他的朋友格涅森瑙、博因和格罗曼加入军事改革委员会，并迅速加入了委员会中阻碍改革的人，如国王的助手冯奥本布罗尼科夫斯基将军和冯博尔斯塔尔上校，他很聪明，但专横而易怒。
展开了激烈的斗争。改革委员会的任务是：清除军官团内的失节分子，这将通过一次大规模的严厉的自我清洗行动完成；创建一支符合最新作战要求的新型军队。
普鲁士第10团,左掷弹兵,右列兵.
1807～1808年，古斯塔夫冯劳赫少校撰写了两份有关未来军队和参谋部组织问题的条陈。劳赫主张平时的军团应由3个军编成，每军辖2个师。他还建议组建一个中央参谋部，作为在军需总监领导下的“大本营”，其中应配置负责行军、宿营、补给、地图、档案等事宜的人员。此外，军和师应设立部队总参谋部，为每个军、师司令官配备一名参谋军官和副官。
而沙恩霍斯特的计划是：实行普遍义务兵役制(当时只能停留在理论上)；将平时的军队编组为师；创建一个正规的总参谋部；组建一个统一的最高军事机构；组建战争部，军需总监部和侍官总署均隶属于它；废止军官团内的贵族特权；取缔各种侮辱人格的惩罚。
沙恩霍斯特为总参谋部所构想的组织蓝图更接近于现代总参谋部。他建议组建一个“军队总参谋部”，下设4个“师”(即处)，第1师负责战略战术，第2师负责军队内部事务，第3师负责补给，第4师负责炮兵和弹药事务。
各师参谋部按上述区分设4个科，分别负责战略战术、军队内部事务、补给、炮兵和弹药事务。保管作战地图的“皇家地图室”划归军队总参谋部管辖。伟大的教育者沙恩霍斯特还赋予总参谋部一个十分重大的教育任务。他认为，总参谋部军官应接受专业训练，并与部队军官经常进行交流。
普鲁士贵族
沙恩霍斯特及其朋友们的改革招致了更为强烈的反对，主要是因为他们提出了废除军官团中的贵族特权和建立优先照顾平民接受教育体制的主张，最著名的死敌是冯约克将军。他是一个最典型的“破落贵族”的代表，但学识渊博，见解独到。
在约克和弗里德里希奥古斯特路德维希冯德马尔维茨这样的傲慢容克，或者是那些由于战争在经济上遭受重大损失的东普鲁士和西里西亚大地主的眼里，军事改革，通过有偿劳动废除终身依附关系，以及后来哈登贝格首相实行的普遍纳税义务制，都是可恶的“雅各宾主义”。
沙恩霍斯特实行普遍义务兵役制的建议未被国王采纳，其中国王对义务兵役制在外交上所产生的顾虑自然也起了一定作用。
到了1817年，普鲁士正式使用“总参谋部”这一称谓。但它的地位和职能还远远不是现代意义上的总参谋部，但是至少，往前迈进了一步。
总参谋长冯米夫林元帅在其任职期间（Friedrich Karl Von Muffling，1775-1851，1821-1829年任总参谋长），注重对总参谋部军官进行系统训练，尤其在测绘方面；重视旅行训练，并建立了相应的机构；发展了沙盘作业；强调战史研究；加强了对邻国军队的观察。他的上任也标志着总参谋部的正式成立。
米夫林的继任者威廉冯克劳泽内克将军（Wilhelm Johann Von Krauseneck，1775-1850，1829-1848年任总参谋长）除了继承其前任的工作外，还曾在1834-1835年考虑过铁路的作用，但没有对其进行深入和持续的研究。
毛奇的前任卡尔冯赖赫尔将军（Karl Von Reyher，1786-1857，1848~1857年任总参谋长）尤其注重对总参谋部军官的培养和选拔。他规定，从事总参谋部勤务的军官必须在普通军事学校学习三年，在测绘局工作三年，夏季从事野外测绘勤务，冬季从事军事科学工作。
赖赫尔十分注重新技术在军事中的运用。1848年，即在他任总参谋长的第一年，便将后膛枪引入普军。1855年，他起草了一份关于国内外铁路运输能力的报告，将铁路纳入展开和作战计划之中。
腓特烈大王时代"七年战争"中的普鲁士士兵
在赖赫尔与战争部长博因的合作下，总参谋部的特殊地位逐渐显露出来：总参谋部军官可以在总参谋部内晋升；自1843年总参谋部军官的军服有了有别于其他军兵种的特殊标志。
当时的参谋军官每年进行至少两次野外长途旅行，测绘地形和进行假想的战斗，有时是访问古战场，探讨过去战例的各种不同可能性((尤其是腓特烈大帝的战役)。另外，每年普鲁士秋操大演习，在国王面前，出动两个军，各自扮演一方进行演习，演习的预想和裁判，都由参谋部来做。
另外，总参谋部虽然也负责军需安排，但不是它最重要的职责。比军需更重要的，是收集各国情报，加以分析，然后想定各种情况，制定针对各国的战争计划。现代各国军队广泛运用的兵棋推演(图上作业、沙盘演习)，就是普鲁士发明的。
兵棋推演英文叫做“War Game”，最初它的的确确就是两名普鲁士参谋军官闲遐之余发明的战争游戏。总参谋长米夫林看到以后非常赞赏，正式向全军大加推广。对战争中各种可能性加以详细分析和预测，然后制定各种应对措施，这是普鲁士总参谋部对现代军事最大的贡献。
普鲁士四大天王(右起):俾斯麦,隆恩,毛奇及威廉一世
但是当时，战争计划功能还没有制图和军史研究那么高的地位，真正强调计划功能，是毛奇当上总参谋长以后的事情。因为总参谋部是收集知识(地形测绘、军史研究、情报搜集) 、运用知识(战争计划) 的中心，换句话说，是知识的垄断者，“知识就是力量” ，这就为毛奇时代，总参谋部成为普鲁士军队的指挥核心打下了基础。但是当时，总参谋部也就是一个调研机构，没有军令权，对普鲁士战争部长负责，也没有出席内阁会议，晋见国王的权力。
在1857年毛奇担任总参谋长的时候，这是一个师级职务，不参与中央决策，直接上司是战争部长，而不是国王本人。毛奇前面两任总参谋长Krauseneck和Reyher都是步兵将军军衔(三星)，而毛奇是少将，没有担任过高级指挥职务，普鲁士陆军中不仅8位军长，而且连所有18位师长的薪俸都比他要高。
但是毛奇却是当时普鲁士军队中最有头脑的人，他与那些老派的贵族精英军官不同，他受过完整的专业技术知识训练，而那个时代欧洲的风气，也是理性主义的：十九世纪的人们相信，科学和技术能够解决一切问题，就连纯艺术领域的绘画，也出现过以光学原理解构光与影的“点彩画派”。
老毛奇
那个大时代，也的确是新科学技术应用于各个领域的时代。毛奇在那个时代，是个相当新派的人物。他敏锐地追踪后膛步枪和后膛装药的线膛炮这些新式武器的发展，更重要的是，他一直在思考电报、铁路这些新生事物在军事上的应用。
毛奇明白，过去依靠统帅在战场上即兴作出性命攸关的决策，这种战争方式已经落伍了，在一个工业时代，指挥官要调动方方面面的社会因素来打一场仗，也要受这些因素的制约。所以战争不能是即兴的，必须是理性的。
战争可以事先规划，而且必须事先规划。作为总参谋长的毛奇，把巨大的精力，花在计划战争上面。他的部下针对各个假想敌，设想各种各样可能出现的力量对比和战场形势，针对每一种形势，都制定出制胜的计划。这是现代参谋部工作的样板。
之后接连数场大战，普鲁士大获全胜，从而使总参谋部获得军队的指挥大权，将普鲁士总参谋部推向其全盛，成为当时欧洲乃至世界所效仿的样板。
